ภาควิชาพยาธิวิทยาซึ่งเป็นภาควิชาที่เก่าแก่ของคณะฯ ควบคู่กับการพัฒนาการศึกษาสัตวแพทยศาสตร์ในประเทศไทย จากวันที่ 16 เมษายน 2478 ถึงวันที่ 16 เมษายน 2558ในวาระครบรอบ 80 ปีแห่งการสถาปนาคณะสัตวแพทย์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย การพัฒนาทางการศึกษาและวิทยาการทางพยาธิวิทยาของภาควิชายังคงก้าวหน้าต่อเนื่องต่อไป ด้วยความต่อเนื่องจากบทความรวบรวมประวัติของท่านอดีตคณบดีและคณาจารย์อาวุโสที่ได้วางรากฐานวิชาการทางพยาธิวิทยา และการเปลี่ยนแปลงต่างๆจากบทความในวาระการฉลองครบรอบ 72 ปี  โดย ท่านอาจารย์อาวุโสเกษียณ รศ. น.สพ.ดร. เล็ก อัศวพลังชัย และรศ. สพ.ญ.ดร. อัจฉริยา ไศละสูต ได้รวบรวมไว้ และรวบรวมถึงปัจจุบัน ดังนี้

ปี พ.ศ. 2478 จากเตรียมสัตวแพทย์ในคณะอักษรศาสตร์ และวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ซึ่งมี ศ.หลวงพรตพิทยพยัต เป็นคณบดีเปิดหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์บัณฑิต 4 ปี

ปี พ.ศ. 2480 การสอนแผนกสัตวแพทย์ได้เริ่มขึ้นอย่างชัดเจนในโดยมี ร.อ. หลวงชัยอัศวรักษ์ เป็นผู้อำนวยการสอน มีการสอนวิชาการสัตวแพทย์เพียง 8 วิชา

ปี พ.ศ. 2482 หลักสูตรปริญญาสัตวแพทยศาสตร์บัณฑิต ได้เปลี่ยนแปลงเป็นหลักสูตร 5 ปี โดยที่แผนกพยาธิวิทยา และแบคทีเรียวิทยารับผิดชอบสอนในชั้นปีที่ 4 และเป็นวิชาที่มีเนื้อหารวมหลายอย่าง คือ พยาธิวิทยา แบคทีเรียวิทยา ไวรัสวิทยา และปรสิตวิทยา

ปี พ.ศ. 2485 แผนกสัตวแพทยศาสตร์ได้ยกฐานะเป็นคณะสัตวแพทยศาสตร์ ในวันที่ 10 มีนาคม 2485 ขึ้นกับกรมมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ กระทรวงสาธารณสุข โดย พ.ท. หลวงชัยอัศวรักษ์ เป็นคณบดี รศ.น.สพ. เตียง ตันสงวน เป็นหัวหน้าแผนกพยาธิวิทยา และแบคทีเรียวิทยา

ปี พ.ศ. 2497 คณะสัตวแพทยศาสตร์ ได้โอนย้ายจากมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ไปสังกัดมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์กระทรวงเกษตร (กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ในปัจจุบัน) โดยมี ศ.น.สพ. เตียง ตันสงวน  เป็นคณบดี ในวันที่ 28 ธันวาคม 2497

ปี พ.ศ. 2500 คณะสัตวแพทยศาสตร์ได้มีการปรับปรุงหลักสูตรสัตวแพทยศาสตร์บัณฑิตเป็น 6 ปี จนถึงในปัจจุบัน โดยมีแผนกที่รับผิดชอบเกี่ยวกับการสอนในขณะนั้น 10 แผนก มี ศ.น.สพ. เตียง ตันสงวน เป็นหัวหน้าแผนกพยาธิวิทยา อ.น.สพ.ดร. เล็ก ธนสุกาญจน์  เป็นหัวหน้าแผนกแบคทีเรีย และอ.น.สพ. จิตร วรมนตรี เป็นหัวหน้าแผนกปรสิตวิทยา แต่เนื่องจากยังขาดความพร้อมจึงให้นิสิตเรียนวิชาพยาธิวิทยาทั่วไป (General Pathology) ที่คณะแพทยศาสตร์ และศิริราชพยาบาล มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ โดยมี ศ.นพ. ประดิษฐ์ ตันสุรัต รับผิดชอบช่วยสอนให้

ปี พ.ศ. 2502 –2504 ได้เชิญ Professor Zacarias de Jesus ผู้เชี่ยวชาญชาวฟิลิปปินส์ จาก Department of Veterinary Parasitology, The College of Veterinary Medicine and Graduate School, University of Philippines มาเป็นที่ปรึกษา และพัฒนาการสอนวิชาปรสิตวิทยา

ปี พ.ศ. 2507 Dr. Rue Jensen, Dean College of Veterinary Medicine, Colorado State University, U.S.A. ได้รับเชิญให้มาเป็นที่ปรึกษาการบริหารคณะ และได้ช่วยพัฒนาทางด้านวิชาการ โดยเฉพาะด้านพยาธิวิทยา และปรสิตวิทยา ภายใต้ความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และมหาวิทยาลัยฮาวาย

ปี พ.ศ. 2510 คณะสัตวแพทยศาสตร์ได้โอนย้ายจากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ กลับมาสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยอีกครั้ง เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม 2510 โดยมี ศ.น.สพ. เตียง ตันสงวน คณบดี เป็นหัวหน้าแผนกพยาธิวิทยาศ.น.สพ.ดร. เล็ก ธนสุกาญจน์ เป็นหัวหน้าแผนกแบคทีเรีย และ อ.สพ.ญ.ดร. สุภรณ์ โพธิ์เงิน เป็นหัวหน้าแผนกปรสิตวิทยา

ปี พ.ศ. 2511–2512 ได้เชิญ Major W.L. Wooding และ Major J.D. Pulliam สัตวแพทย์ผู้เชี่ยวชาญทางด้านพยาธิวิทยา ชาวอเมริกันจาก SEATO มาช่วยสอน และพัฒนาการสอนวิชาพยาธิวิทยา

ปี พ.ศ. 2513 ได้เชิญ Professor Dr. Karl Friedhoff จากประเทศเยอรมันตะวันตกมาช่วยพัฒนาด้านการสอน และวิจัยทางด้านปรสิตวิทยา

ปี พ.ศ. 2515 น.สพ.ดร. เล็ก ธนสุกาญจน์ เป็นหัวหน้าแผนกพยาธิวิทยา และดำเนินการรวมวิชาทางด้านพยาธิวิทยา แบคทีเรียวิทยา และปรสิตวิทยา เข้าด้วยกันเป็นแผนกพยาธิวิทยา

ปี พ.ศ. 2518 แผนกพยาธิวิทยาเปลี่ยนชื่อเป็นแผนกวิชาพยาธิวิทยา

ปี พ.ศ. 2519 ศ.น.สพ.ดร. เล็ก ธนสุกาญจน์ ดำรงตำแหน่งหัวหน้าแผนกวิชาพยาธิวิทยา ได้แบ่งแผนกวิชาเป็น 3 หน่วยงาน คือ หน่วยพยาธิวิทยา หน่วยจุลชีววิทยา และหน่วยปรสิตวิทยา

ปี พ.ศ. 2522 แผนกวิชาพยาธิวิทยาเปลี่ยนชื่อเป็นภาควิชาพยาธิวิทยา และยังคงแบ่งหน่วยงานเป็น 3 หน่วยงาน

ปี พ.ศ. 2528 วิชาไวรัสวิทยา ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของหน่วยจุลชีววิทยา ได้แยกการบริหารออกเป็นหน่วยไวรัสวิทยา

ปี พ.ศ. 2539 หน่วยจุลชีววิทยาได้จัดตั้งเป็นภาควิชาจุลชีววิทยา เมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2539

ปี พ.ศ. 2539 ภาควิชาพยาธิวิทยาประกอบด้วย 3 หน่วยย่อย คือ หน่วยพยาธิวิทยา หน่วยปรสิตวิทยา และหน่วยไวรัสวิทยา

ปี พ.ศ. 2556  ในวันที่ 1 ตุลาคม หน่วยไวรัสวิทยา ได้ย้ายไปสังกัด ภาควิชาจุลชีววิทยา ภาควิชาพยาธิวิทยาจึงเหลือเพียง 2หน่วยงานคือ หน่วยพยาธิวิทยา และหน่วยปรสิตวิทยา จนถึงปัจจุบัน